Lala; una adolescente que vive en el barrio más exclusivo de la Argentina, está enamorada de la Guayi, la mucama paraguaya de dieciseis años que trabaja en su casa. las dos sueñan con vivir juntas a Paraguay, al lago Ypacarai. Para eso juntan plata robándola de las carteras y billeteras que encuentran por la casa y la guardan en una caja de zapatos. pero cuando la caja esté llena, estalla. Estalla el deseo, los celos y la ira que Lala mate a su padre.

Pero esto es sólo el punto de partida que precipita la huída en la ruta que une el norte del gran Buenos Aires con Paraguay. Mientras Lala espera a su amante en Paraguay, reconstruyendo su pasado (el misterio de su embarazo y la leyenda de un niño pez que guía a los ahogados hasta el fondo del lago), la Guayi es detenida en un Instituto de menores en las afueras de Buenos Aires. Ella también esconde un crimen en su pasado.

La venganza, el riesgo, el sexo semiviolento, la sangre, van tejiendo una trama que apuesta a encontrar una salida de la incertidumbre con la que muchos jóvenes viven en el mismo mundo que condenan.

Al igual que en XXY, en El niño pez las protagonistas son dos adolescentes que esconden el secreto de un romance prohibido (el de una chica de familia adinerada y la mucama paraguaya que trabaja en su casa). Pero esta historia incorpora todos las reglas del cine de género, hilvanando una trama en la que el asesinato de un padre, la huída a Paraguay y el plan para liberar a su amante paraguaya de una mafia carcelaria que explota menores de edad como prostitutas, son en realidad una excusa para tocar un tema silenciado y tabú en muchas sociedades: la violencia y el rechazo que provoca una historia de amor entre dos jóvenes mujeres de clases sociales tan diferentes.

Basada en una novela escrita por la propia Puenzo, la cinta revierte el orden lineal de la obra y comienza con la huida de uno de los personajes para desgranar, a golpe de flashback, los antecedentes de la historia.

Inés Efron vuelve a ser la protagonista del film de la directora, convirtiéndose en una de las actrices más prometedoras del panorama cinematográfico argentino.