Elías es un hombre de campo, muy creyente, al cual su madre le insiste para que se sume a los ejércitos de Cristo Rey; no obstante, él se mantiene ajeno a participar en la guerra. Un día se ve indirectamente relacionado con la detención y el fusilamiento del cura del pueblo por los federales.

Elías también es capturado y le pide al padre que lo perdone, pero éste se niega a hacerlo e inevitablemente muere; cuando llega el turno de Elías de pasar por las armas, salva la vida milagrosamente en una ley fuga colectiva, entonces el único camino para escapar de una muerte segura es huir con su familia al desierto; estos acontecimientos provocan que la propia madre de Elías lo maldiga: Dios lo va a castigar arrebatándole a todos sus hijos.

Elías se embarca en una huida en lo profundo del desierto en busca del perdón, obsesionado por una enorme culpa autoimpuesta que arrastrará a su familia en un viaje de redención que terminará por destruirlos a todos.

Ciudad de México. 19 de marzo de 2009. En 1926 estalla la Guerra de los cristeros en la región occidente del país, y en poco tiempo se expande a otros estados; en infinidad de pueblos y comunidades están sus principales escenarios y personajes. En este telón se sitúa Desierto adentro, película del director uruguayo Rodrigo Plá (La zona) sobre la autorredención al límite, al extremo de la enajenación, la locura y el fanatismo.

Desierto adentro es un drama profundamente humano, una historia llena de metáforas, de ironías y hechos funestos que sólo alimentan la profecía, pues en el camino de la salvación Elías y sus hijos sólo hallarán una estela de trastorno, aislamiento, incesto, y, por último, la muerte.

La película se sustenta bien por el trabajo del reparto, donde destaca la presencia de Mario Zaragoza, quien ya trabajara a las órdenes del director en La zona y la propia dirección de Rodrigo Plá; un drama que no carece de verosimilitud, algo difícil de conseguir aún más en el cine histórico mexicano, donde abundan las producciones sobractuadas.