Con el hundimiento del muro de Berlín, la caída del régimen soviético alteró los equilibrios de poder en el mundo y desencadenó la constitución de un nuevo orden internacional. Como consecuencia, un millón de agentes secretos de ambos lados del telón de acero fueron relegados al ostracismo.

Muchos murieron, otros dirigieron sus vidas hacia otros trabajos e ideales. Pero la gran mayoría siguieron haciendo lo único que habían aprendido a hacer. Michael Roddick, un espía al servicio de la República Federal Alemana, consciente de que sus días como agente secreto están contados, abandona el servicio después del fracaso de su última misión, decide desaparecer sin dejar rastro y se lleva consigo a Elena, la hija de una espía rusa muerta en extrañas circunstancias.
Michael y Elena se instalan en Barcelona donde abren un pequeño restaurante que les permitirá vivir plácidamente y olvidar su turbulento pasado. Pero los fantasmas del pasado nunca descansan. . O por lo menos eso es lo que constata Roddick, que nuevamente se ve inmerso en una vertiginosa pesadilla, un mundo con sus propias reglas, cuando sus antiguos compañeros reaparecen reclamando asuntos pendientes.

Basada en la novela Flores negras para Michael Roddick, de Daniel Vázquez Sallés.

Flores negras está protagonizada por Tobias Moretti (Don Giovanni), Maximilian Schell (¿Vencedores o vencidos?, El hombre de la cabina de cristal), Marta Etura (Las trece rosas, Azuloscurocasinegro), Eduard Fernandez (Tres días con la familia, Ficció) y Maria Grazia Cucinotta (El cartero y Pablo Neruda, El día de la bestia)..

Flores Negras cuenta la historia de dos agentes de la Stasi (policía comunista de la RFA), encarnados por Tobias Moretti y Eduard Fernández. De su pasado, de la imposibilidad de escapar al mismo y de que el viejo dilema de los teólogos, supone un indeseado descubrimiento con el que se debe vivir en adelante: la vida es bella, pero hechos terribles suceden en ella cada día.
El reparto de la película es reflejo de la complejidad que se vivió en esa época y del carácter casi apátrida de los protagonistas de aquellos hechos.