Juan y Pedro se conocen en la parte trasera de un tráiler lleno de inmigrantes mexicanos ilegales que van a Nueva York.

Pedro le enseña a Juan una carta sellada que su difunta madre le dio antes de morir para que encontrase al padre al que nunca conoció. Le cuenta a su nuevo amigo que Diego –así se llama su padre– se fue hace mucho a Nueva York y  que se ha convertido en el rico dueño de un restaurante. Está seguro de que se alegrará mucho de ver a su hijo. Juan no está tan convencido. Le cuenta que su padre le abandonó cuando tenía cuatro años.

Pedro se despierta en el camión que les ha llevado a Brooklyn. No queda nadie; su equipaje y la carta con la dirección de su padre han desaparecido. Se encuentra solo en una ciudad desconocida sin hablar el idioma.

Entretanto, Juan llama a la puerta de Diego con la carta, haciéndose pasar por Pedro, su hijo.

En apariencia, Padre nuestro es una película de suspense acerca de un caso de identidad robada.

Sin embargo, a un nivel más profundo, trata de las relaciones en el seno de la familia y de la ambigüedad de la moral.

El núcleo de la película es un retrato del laberinto de mentiras y esperanzas frustradas que representa Nueva York, una ciudad donde la mayoría de sus habitantes vienen de fuera y donde la familia no se define por lazos de sangre, sino por experiencias compartidas y por la necesidad de un vínculo.